《屠殺器官》的舞台將設定在賽拉耶佛核爆後的地球，此時部分落後國家爆發了一連串內戰及民族衝突，在這血腥風暴之中，美國特殊情報部隊「克拉維斯（クラヴィス）」發現了在陰影之下有一名叫「約翰·保羅（ジョン・ポール）」的美國人參與其中，約翰路過之處必定掀起腥風血雨，這讓眾人瘋狂的「屠殺器官」到底是什麼？

延續動畫的劇情，解釋深海棲艦和吹雪的身世。

《機動戰士鋼彈 SEED FREEDOM》為《機動戰士鋼彈 SEED DESTINY》的續作、為新的故事，以宇宙紀元（Cosmic Era）75 為背景。此部新作由《機動戰士鋼彈 SEED》系列導演福田己津央領軍，電視動畫中的製作成員也將齊聚一堂，目標是創造能與時代接軌、新的《機動戰士 SEED》作品。 官方同步公開了《機動戰士鋼彈 SEED FREEDOM》劇場版的首部宣傳影片，開啟了《機動戰士鋼彈 SEED》系列新故事，再度陳述「調整者」和「自然人」間的故事。在首部宣傳影片中，顯示了主角煌・大和困惑的表情、與拉克絲相互凝視，同時還有與《SEED》系列有關的各種關鍵詞，也散佈在宣傳影片中。這樣緊繃的氣氛，暗示著新的戰鬥、史詩般的故事即將在一個據稱已經恢復和平的世界中再度展開。

皇曆2017年，超級大國「不列顛尼亞帝國」（Britannia）朝著稱霸世界的目標，征服了世界近3分之1的版圖。此時，7年前被改稱「11區」的日本出現了動亂，牽動了世界對抗不列顛帝國的鬥心。 帝國早前與統領部分歐洲和非洲勢力的E.U.達成停戰協議。由於動亂出現，和平關係都隨之破裂，不過在強硬的軍事侵略下，E.U.並沒有在戰事中得到優勢。一群「11區」的少年少女決定加入這場地獄戰線，駕駛Knightmare參與這個目標及原因未明、戰勝率只有5%的大戰……

宇宙世紀0079 年，地球聯邦和吉翁公國之間一年戰爭的末期，SIDE4的太空殖民衛星摩爾在吉翁軍的攻擊下破壞殆盡，大多數人在攻擊中失去了生命。被破壞的殖民衛星、被擊沉的戰艦的無數殘骸在暗礁宙域漂散著，不知不覺中殘骸在不斷地碰撞中開始產生放電現象，“雷霆宙域”的名字也因此而來。

公主准则 Crown Handler 19世紀末倫敦。共和國的間諜集團的白鳩小隊被賦予新的任務。那項任務就是要將某舊書店店長給引渡到共和國。安潔與多蘿西和千世等三人攜手順利將被監禁在王國拘留所的舊書店店長給救了出來。另一方面，王國以女王暗殺未遂事件為契機，“狩獵間諜”也越來越激烈，Control 這邊也飄散著緊張氛圍。 Control 推測派往王國的間諜很有可能是“雙重間諜”。為了查明真相，命令白鳩小隊前去接觸被送進王國內、代號“主教”的間諜。究竟，全新任務會有怎樣的發展。然後，“主教”到底為何人―――