這是一個禁止一切爭端、一切都由遊戲來定奪的世界「迪司博德」，造物主 特圖在艾爾齊亞的後街小巷，因空腹而倒下了，靠著伊綱的施捨而活了過來。為了答謝伊綱，特圖開始講述六千多年以前的故事。 在無敗的最強玩家 空與白降臨到這個世界的六千多年前，十六種族互相殘殺。大戰期間，有個率領著人類種部落的少年里克，他率領的五年內只有四十八人死亡，並保證了兩千多人的衣食居住。某次，里克相遇了一個脫離群體的機凱種 Schwarzer，從未被傳頌過的故事就此展開序幕。

故事以被稱為「小新秀」的主角貝爾，以及「赫斯緹雅眷族」的主神赫斯緹雅為中心。高掛在天空的月亮照亮著沉浸傳承自神時代慶典「神月祭」的氣氛中的迷宮都市，靜靜著等待著英雄的誕生，以及全新的冒險過程。

故事劇情為電視動畫的前傳，3rei系列中衛宮士郎和美遊兩兄妹的故事，「平行世界」中衛宮士郎與朔月美遊初次相遇，美遊的成長經歷和真實身份揭曉，面對朱利安對美遊的「聖杯」覬覦而將其虜走，士郎不敵下瀕死重傷，被神父綺禮所救後獲知朱利安的目的。在間桐櫻付出生命下，士郎利用階級卡化身英靈的贗品，再度闖進恩茲華斯家展開激戰，誓要奪回美遊。最終向聖杯許願讓美遊獲得幸福，從而讓美遊穿越到伊莉雅所在的世界，並與伊莉雅成為朋友，也就是《魔法少女☆伊莉雅》故事的開端。

故事以一名被孤兒院趕出的少年中島敦為主角，因恰好救出武裝偵探社社員太宰治、解決「食人虎事件」後被推薦入社。隨後陸續有黑手黨成員登場試圖綁架中島，原來敦在黑道中因不知名原因被懸賞七十億。故事中的人物皆有特殊異能力，而人物名與能力名皆與世界上的知名文豪有關。

某日，拥有“魔王因子”的魔王候补·春日新，无意中触碰到TRINITY SEVEN之一·浅见莉莉斯的魔道书《赫耳墨斯外典》，在那瞬间被耀眼的光包围，眼前出现了一名神秘少女。被命名为“莉莉姆”，将新和莉莉丝当成双亲来尊敬的少女。但，在少女出现的同时，世界发生了异变——觉醒的禁忌之“悠久图书馆”。 炼金术的究极产物——经由人之手创造的“白色魔王”被封印在那里。“白色魔王”为了成为真正的魔王，而企图将新与TRINITY SEVEN抹杀在拥有前所未有的强大力量的“白色魔王”面前，世界的崩坏以及走投无路的危机袭向新等人——新与TRINITY SEVEN能够保护这个世界吗？

武藤遊戲與身體內的另一靈魂法老王「亞圖姆」（闇遊戲）正式道別後，重新回歸平凡的學校生活。但將亞圖姆視為勁敵的海馬瀨人，在消失的地方發掘「千年積木」並打算將其重新完成，試圖再度復活亞圖姆並與他決鬥。海馬集團的挖掘團隊挖出千年積木後，工作遭迪瓦中斷，他與海馬決鬥並取走了積木的兩塊碎片，並將一塊碎片交給他的妹妹塞拉保管，但塞拉將碎片交給武藤遊戲。 迪瓦以假名藍神與遊戲等人建立友誼，並注意到遊戲的朋友貘良，他認為貘良殺死了自己的導師夏迪，便使用他的能力將貘良送到另一個次元。貘良對此道歉並解釋自己當時的行為是受到千年智慧輪內的邪神影響而導致。 海馬瀨人使用電腦重組千年積木後，發現遺失了兩個碎片，便挾持藍神並告知遊戲、強迫他們參加自己設計的新型決鬥盤的展示會。在展示會上，海馬打算透過決鬥擊倒藍神和遊戲以取得他們手中的碎片，但由於貘良仍在另一次元，遊戲便要海馬讓自己先與藍神決鬥。 遊戲擊倒了藍神，讓貘良得以歸來。當遊戲與海馬對決時，遊戲組裝了千年積木並表示亞圖姆的靈魂已不復存在。他們的決鬥被受到千年智慧輪影響的藍神中斷，海馬便和遊戲搭檔挑戰藍神。海馬在決鬥中犧牲自己以保護遊戲，在消失前、他要遊戲一定要讓亞圖姆復活。在決鬥最後、遊戲成功喚出了亞圖姆並打倒藍神，亞圖姆和千年積木在那之後都消失了，而海馬也平安歸來。 故事的最後，遊戲等人順利從童實野高中畢業，其青梅竹馬杏子也在機場與遊戲及其他人道別，正式前往美國紐約留學，實現成為職業舞者的夢想，而海馬用他的科技重現了藍神的能力，讓自己的意識去到冥界與亞圖姆見面。