武藤遊戲與身體內的另一靈魂法老王「亞圖姆」（闇遊戲）正式道別後，重新回歸平凡的學校生活。但將亞圖姆視為勁敵的海馬瀨人，在消失的地方發掘「千年積木」並打算將其重新完成，試圖再度復活亞圖姆並與他決鬥。海馬集團的挖掘團隊挖出千年積木後，工作遭迪瓦中斷，他與海馬決鬥並取走了積木的兩塊碎片，並將一塊碎片交給他的妹妹塞拉保管，但塞拉將碎片交給武藤遊戲。 迪瓦以假名藍神與遊戲等人建立友誼，並注意到遊戲的朋友貘良，他認為貘良殺死了自己的導師夏迪，便使用他的能力將貘良送到另一個次元。貘良對此道歉並解釋自己當時的行為是受到千年智慧輪內的邪神影響而導致。 海馬瀨人使用電腦重組千年積木後，發現遺失了兩個碎片，便挾持藍神並告知遊戲、強迫他們參加自己設計的新型決鬥盤的展示會。在展示會上，海馬打算透過決鬥擊倒藍神和遊戲以取得他們手中的碎片，但由於貘良仍在另一次元，遊戲便要海馬讓自己先與藍神決鬥。 遊戲擊倒了藍神，讓貘良得以歸來。當遊戲與海馬對決時，遊戲組裝了千年積木並表示亞圖姆的靈魂已不復存在。他們的決鬥被受到千年智慧輪影響的藍神中斷，海馬便和遊戲搭檔挑戰藍神。海馬在決鬥中犧牲自己以保護遊戲，在消失前、他要遊戲一定要讓亞圖姆復活。在決鬥最後、遊戲成功喚出了亞圖姆並打倒藍神，亞圖姆和千年積木在那之後都消失了，而海馬也平安歸來。 故事的最後，遊戲等人順利從童實野高中畢業，其青梅竹馬杏子也在機場與遊戲及其他人道別，正式前往美國紐約留學，實現成為職業舞者的夢想，而海馬用他的科技重現了藍神的能力，讓自己的意識去到冥界與亞圖姆見面。

命運之夜——天之杯2：失去之蝶 將改編遊戲《Fate/stay night》中的「Heaven’s Feel（天之杯）」間桐櫻路線。「Heaven’s Feel（天之杯）」有着和前兩條線截然不同的黑暗基調，以衛宮士郎在弓道部與學妹間桐櫻作為感情主線，講述間桐櫻和衛宮士郎之間的故事，並將整個聖杯戰爭的真實全貌給展露出來。

故事時間線設定在魔國聯邦開國祭圓滿落幕後。利姆路、蜜莉姆與部下們來到由天帝艾爾梅西亞統治的「魔導王朝薩里昂」渡假島嶼放鬆身心。然而，平靜的假期被突如其來的事件打破，利姆路一行人被捲入了與神祕水之國度「海淵國」相關的危機之中，不得不展開全新的冒險與戰鬥。

第 01 話 罪與罰

故事的主舞台設在天才魔法師 惠惠 的故鄉－－紅魔之里。和真一行人將陪同惠惠回鄉，並面對意想不到的敵人，以及因為進入桃花期而囂張的和真。

第 02 話 First Guardian