Virgin Punk Clockwork Girl 孤兒院出身的少女神冰羽舞，曾夢想成為索瑪迪亞工程師，卻在少年時親眼目睹Mr.優雅處決院長（非法改造索瑪迪亞通緝犯），夢想與家園一夕崩毀。對Mr.優雅的恨意，伴隨她成長為獵人。十年後，羽舞已是獨當一面的賞金獵人，卻再度與Mr.優雅相遇。對方試圖招募她加入旗下組織「阿基米DEATH」，遭羽舞冷淡拒絕後，槍口指向了她…… 非法改造索瑪迪亞通緝犯 VS 賞金獵人——少女的宿命戰役由此展開。

皇曆2017年，超級大國「不列顛尼亞帝國」（Britannia）朝著稱霸世界的目標，征服了世界近3分之1的版圖。此時，7年前被改稱「11區」的日本出現了動亂，牽動了世界對抗不列顛帝國的鬥心。 帝國早前與統領部分歐洲和非洲勢力的E.U.達成停戰協議。由於動亂出現，和平關係都隨之破裂，不過在強硬的軍事侵略下，E.U.並沒有在戰事中得到優勢。一群「11區」的少年少女決定加入這場地獄戰線，駕駛Knightmare參與這個目標及原因未明、戰勝率只有5%的大戰……

皇曆2017年，超級大國「不列顛尼亞帝國」（Britannia）朝著稱霸世界的目標，征服了世界近3分之1的版圖。此時，7年前被改稱「11區」的日本出現了動亂，牽動了世界對抗不列顛帝國的鬥心。 帝國早前與統領部分歐洲和非洲勢力的E.U.達成停戰協議。由於動亂出現，和平關係都隨之破裂，不過在強硬的軍事侵略下，E.U.並沒有在戰事中得到優勢。一群「11區」的少年少女決定加入這場地獄戰線，駕駛Knightmare參與這個目標及原因未明、戰勝率只有5%的大戰……

皇曆2017年，超級大國「不列顛尼亞帝國」（Britannia）朝著稱霸世界的目標，征服了世界近3分之1的版圖。此時，7年前被改稱「11區」的日本出現了動亂，牽動了世界對抗不列顛帝國的鬥心。 帝國早前與統領部分歐洲和非洲勢力的E.U.達成停戰協議。由於動亂出現，和平關係都隨之破裂，不過在強硬的軍事侵略下，E.U.並沒有在戰事中得到優勢。一群「11區」的少年少女決定加入這場地獄戰線，駕駛Knightmare參與這個目標及原因未明、戰勝率只有5%的大戰……

斧江財閥現任當主斧江拓三收到怪盜基德的預告信。信中宣稱將在北海道函館市的財閥倉庫中竊取與土方歲三有關的兩把短刀。柯南等人對此產生了疑問，專偷大寶石的基德這次為何鎖定刀具。同時，在函館舉辦的劍道比賽中，服部平次和沖田總司參加比賽，而江戶川柯南一行則來函館為平次加油。在比賽場館，柯南、和葉及沖田結識了在現場表演居合術的大學生福城聖，平次則在比賽之餘尋找著能成功向和葉告白的絕佳景點。另一方面，和葉的情敵、暗戀平次的大岡紅葉也搭直升機前往北海道尋找平次。她從管家伊織無我處得知北海道有著多處「告白絕佳景點」，立即意識到平次計劃向和葉告白，便打算阻撓他。 犯罪預告的當天，平次成功識破了基德的偽裝，追至屋頂。儘管平次以熟練的劍術逼得基德節節敗退，並斬落其禮帽，但當他見基德的面容與工藤新一的面貌如出一轍時，感到驚訝不已。趁著這個瞬間，基德抓起一把刀逃走。平次則將奪回的另一把刀交給了警方。不久後，在函館的倉庫區發現了一名胸口被劃上十字刀痕的男子的屍體。受害者身分為斧江財閥的法律顧問久垣澄人，他剛從杜拜回國就遭到了謀殺，其攜帶的高爾夫球包中的物品也被搜刮一空。柯南和平次懷疑這起謀殺案與基德盜取刀具有關，推測高爾夫球包內的物品可能就是日本刀。此外，來自北海道警察西村警部手下的川添善久刑警透露，被盜的刀可能是斧江家創始人斧江圭三郎在函館藏匿的寶藏的線索。 圭三郎曾深度參與戰時軍需工業，因此人們據傳寶藏可能是能夠改變戰局的重要武器。隨後，警方調查發現一名叫布萊恩·D·門倉的男子成為了嫌疑犯。其表面上是一名慈善家，但實際上是一名在亞洲地區活動的軍火商人，他也覬覦著斧江家的寶藏，且門倉擁有久垣所持有的斧江家寶藏的線索之一，也就是基德從他處盜取的兩把刀。隨後，基德向門倉發出了預告信，隨後按照信中所述盜取了門倉的刀。但意外的是，他在逃亡時被一位帶著黑色狐狸面具的神秘劍士襲擊。儘管這位神秘劍士以卓越的劍術將他逼入絕境，但就在千鈞一髮之際，柯南和平次趕到相助。平次與神秘劍士交戰，而柯南則以足球協助，最終成功擊退了對手。 平次從基德衣服上的十字刀痕推測出神秘劍士就是殺死久垣的兇手。同時，柯南也透過追蹤在門倉刀上植入的訊號，得知了神秘劍士的身份。隨後，基德為了感謝他們，說明了盜取刀具的原因。他之所以盜取刀具，是想確認一名男子曾試圖偷取但最終放棄的寶藏到底是什麼，而這寶藏正是門倉和斧江拓三都在追逐的斧江家寶藏。基德說，發現了一張斧江圭三郎親筆寫下的只有刀鍛冶「東窪榮龍」名字的字條，意味著東窪榮龍所打造的刀將成為尋找寶藏的線索。這六把刀中，兩把位於斧江財閥倉庫中；另外兩把為久垣澄人從杜拜帶回；最後兩把則被福城良衛收藏。

劇情接自《命運石之門》動畫第25集（OVA）。 2011年8月，岡部倫太郎抵達命運石之門已過一年。這是真由理和紅莉栖都不會死亡，未來未知的世界。平常在美國的紅莉栖因故回來日本，正當眾人為了歡迎她而聚在一起烤肉時，岡部開始看到幻覺：一開始是過往他於其他世界線上的記憶突然鮮明起來；後來更出現他不曾待過的世界線的「記憶」。隔天，紅莉栖的飯店遭人闖入，留下了「電話、電話微波爐、SERN」的訊息。紅莉栖稍後遇到岡部，兩人談起其他世界線、命運探知。紅莉栖剛說既視感也許是一種命運探知，岡部便突然從她眼前消失。 之後一週，即使世界照常運轉、沒人覺得不對勁，紅莉栖一直覺得似乎忘了什麼。她依在飯店收到的提示造出了時間跳躍機，將自己的記憶送回烤肉當晚，發現忘掉的是岡部。此時鈴羽現身，表明自己是為了拯救岡部而搭乘時間機器從未來而來，並說明岡部消失是因為承受了太多其他世界線的記憶，無法將命運石之門世界線認知為現實。然而岡部拒絕接受幫助，藉自身經驗說明改變過去是非常危險的事。隔天，紅莉栖再度目睹岡部消失。因為進行過一次時間跳躍，她勉強記起了岡部，但因他的話決定不改變過去。 鈴羽預言紅莉栖會矛盾一輩子，最後造出時間機器、推出拯救岡部的方法，卻又不准任何人改變過去。紅莉栖辯不過她，被說服搭上了時間機器。拯救岡部的方法是不改變既定事實，只改變岡部的記憶。紅莉栖選定對岡部而言曾發生重大事件的2005年下手，過程中卻不小心讓年少的岡部出車禍。雖然岡部因為世界線收束而不會死在那，紅莉栖仍不敢再輕易嘗試回到過去。回到研究所，她發現其實眾人還依稀對岡部有印象，再度下定決心回到過去。她跟少年岡部講述「鳳凰院凶真」等岡部的「瘋狂科學家」設定，並取了他初吻，成功給他難以磨滅的記憶。回到2011年，岡部因該份記憶而能認知此世界線和其他世界線的不同，因此回歸命運石之門世界線。